目前绝大部分发达国家的药监部门都要求生物等效性试验中的参比药必须使用原厂的品牌药，比如美国FDA将法定参照药列成目录，出版了一本橙皮书，里面几乎全都是专利药，除非极特殊的情况，制药厂必须从橙皮书中选择参比制剂，这就保证了评价标准的一致性。
但中国2002 版《药品注册管理办法》中对于谁可以作为参比药这个关键问题在逻辑上和科学上的要求都不明确，于是国产仿制药即使做了生物等效性试验，作为对照的也大都是另一种国产仿制药。
事实上，《中国药品管理法》对仿制药的定义就是仿制已有国家标准的药品，国产仿制药仿的是一种国家标准，而不是一种具体的药，其结果就是每一次比较带来的20% 误差被逐渐放大了，后面生产的仿制药虽然符合国家药典标准，但实际上已经和被仿的专利药相差甚远。两者有效成分虽然一样，但在人体内的代谢过程完全不同，疗效也就不能保证了。
国外大药厂的专利药在开发过程中都经过了严格测试，保证对于绝大部分人群有效。但在申报专利的时候往往只列出了有效成分的分子式，配方和工艺的细节则是保密的。中国药厂按照文献上的记载合成出原料药，以为大功告成了，没想到这只是万里长征的第一步而已。
除原料药本身外，专利药真正有价值的地方是制剂的配方和工艺，这也是考验仿制药厂技术能力的重要指标。有实力的仿制药厂能够从产品出发，通过逆向工程逐步倒推回去，最终生产出高质量的仿制药。
缺乏实力的制药厂要么弄虚作假，生产劣质的仿制药，要么只能生产原料药，成为前者的原材料供应商。迄今为止中国依然还只是一个原料药的生产大国，不是仿制药的生产大国，印度在这方面要比中国强很多，中国实际上已经变成了印度制药企业的原料供应商。
“原料药属于化工产品，不属于医药产品，其价值在药品中所占的比例是很低的。中国生产的原料药被以极低的价格卖给了欧美和印度的制药厂，人家以此为原料，生产出来的药品再以极高的价格卖给全世界，这就是世界仿制药市场的现状。”一位熟悉国际药品市场的资深人士对本刊记者说，“另外，原料药生产过程的污染问题很难解决，中国这么做相当于把环境污染留在了国内，把利润让给了国外。”
2005 年郑筱萸因受贿罪入狱，最终被枪毙，疯狂了4 年的中国仿制药行业终于安静了下来。食药总局意识到了先前所犯的错误，开始了艰难的改革。改革的第一步就是大大减缓了仿制药的审批速度，这一条甚至被当成了衡量政绩的指标。据一位熟悉情况的资深人士透露，目前在食药总局排队的仿制药申请已经超过了1 万份，不少药企怨声载道。这还只是手续齐全挑不出毛病的申请，因为各种原因被退回的申请总数就更多了。
“这种状况对于中国制药业的发展带来了很多负面影响。”这位资深人士说，“1 万个仿制药中有相当一部分已经完成了临床研究，如果按照平均每个药的研究费用为100 万元计，这就相当于浪费了100 亿元的科研投入。除此之外，如此不正常的积压给权力寻租提供了很大的空间，延长了国内市场先进入者的独占权和垄断权，相当于变相提高了药价。”
食药总局所做的第二件事就是在2007 年出版了新版《药品注册管理办法》，进一步强调固体口服制剂一定要做生物等效性试验，并在试验方法上和国际接轨。但是，新的注册办法仍然没有从法律上、逻辑上明确必须和谁做参比，一些业内人士对此表达了不满。
食药总局所做的第三件事就是于2010 年出版了新的《药品生产质量管理规范》，这个被称为“新版GMP”的指导性文件在很多方面都做了大幅度改进，大大提高了制药厂的资质认证难度。
本刊记者采访的大部分业内人士都认为，经过这一轮改革后，中国仿制药的监管体系终于开始和国际标准接轨了，2007 年以后拿到许可证的仿制药质量应该是有保障的。问题在于，2007 年以前批准生产的仿制药怎么办呢？它们仍然是中国药品市场的主力，普通老百姓平时吃到的大都是这类老药，急需重新评价。
但这项工程涉及的利益群体太多，改革遇到了来自政治和经济方面的双重阻力。
历史的补课
2013 年2 月16 日， 中国食药总局发布了《关于开展仿制药质量一致性评价工作的通知》，决定对2007 年新版《药品注册管理办法》实施前批准的仿制药来一次彻底清查，不合格的将不予再注册，甚至注销其药品批准证明文件。
“这是一次历史的补课，其结果将直接影响到普通中国老百姓的医疗健康水平。”中国外商投资企业协会药品研制和开发行业委员会（RDPAC）专门负责仿制药项目的市场准入总监朱波对本刊记者说，“开展仿制药质量再评价是国际通行的做法，美国在1971 年启动生物等效性评价，历时10 年，淘汰了6000 多种药品。英国在1975 年启动了类似的项目，对3.6 万种药品进行重新评估。日本在1997 年启动了‘药品品质再评价工程’，至今完成了约730 个品种。”
截至2014 年8 月份，这项工作尚处于摸索方法的阶段。中国食药总局公布了这一阶段要做的75 个药品的目录，目前已经完成了5 个药品的方法论证，计划到2015 年底前完成剩余70个药品的评估方法论证，为今后全面开展仿制药质量一致性评价打下基础。
对于这项宏大计划的现状，多位采访对象都认为进展太过迟缓，主要原因就在于主持工作的官员们对于很多理论上的问题都没有搞清楚，缺乏顶层设计，并在一些关键的技术细节上存在明显分歧。比如，中国食药总局把GMP 看得很重，要求制药厂必须严格遵守新版GMP 的所有规定。但一位国内仿制药厂的负责人对本刊记者说，国内的原辅料质量很不稳定，每个批次都不相同，他们药厂经常要对生产程序进行微调，才能生产出同样质量的终产品。新版GMP 要求所有生产程序保持一致，不能有任何改变，不符合实际情况。
他建议有条件的药厂可以学习美国FDA 提倡的“质量源于设计”（QbD）这一先进理念，即在研发的初始阶段就对可能影响产品特性的因素进行全面综合的分析，这样才能保证获得优质产品。再比如，目前已经完成论证的5种药品过于看重体外溶出试验，试图用这个方法对这5 种药进行重新评估，而不是生物等效性试验。
一位医药行业的资深人士对此很有意见，他认为，生物等效性试验才是国际公认的黄金标准，体外溶出试验只能用于粗筛和质量控制，不能作为决定其是否能上市的最终标准。
“人体是很复杂的系统，体外溶出只能部分地模拟人体内的情况，无法全面地反映出真实结果。”朱波对本刊记者解释说，“日本人普遍不愿意做临床试验，志愿者不好找，所以日本比欧美更看重体外溶出试验，但即使如此，人家也是先做完生物等效性试验，然后再用体外溶出作为生产过程中的质量控制手段。我们过去批的那些药根本就没做过生物等效性试验，与日本的情况很不一样。”