为了保障河豚的食品安全，日本河豚卫生确保条例中对于河豚的处理有明确的规定。
1、认真对河豚原料进行甄选，排除全身有毒的河豚以及种类不明的河豚。
2、如果食用冷冻河豚的情况，需利用急速冷冻法进行冻结，解冻时用流水进行迅速解冻，以此防止有毒部位的毒素流向肌肉。解冻后立即处理，不可以进行再冻结。
3、必须除去卵巢和肝脏
4、除去后的有毒部位也需要严格管理。为防止偷窃和恶用，废弃的河豚有毒部位应放入有锁的容器中，或当场焚烧，或埋在地下，或用烈性苏打进行中和。
5、用盐长时间腌制可以降低河豚的毒性，但是要确保腌制的时间，卵巢需腌制2年，皮腌制6个月。 由于各地区对河豚鱼的食用方法不尽相同，日本各地对河豚鱼餐饮业的规定也有所不同。
现今，全球暖化趋势仍然不断发展，河豚杂交化问题的缓解只能依赖于科学工作者的进一步研究了。眼下天气转凉，不知又有多少食客将在日本料理店等待品尝美味的河豚。在这里需要提醒广大读者的是，必须在拥有河豚鱼处理执照的专业饭店食用河豚鱼，为口腹之欲赔上性命的买卖实在划不来。
