陈立夫作为董事代表也发表了演讲：“研究中医与批评中医之言论，均未能中肯。西医云三指切脉，茫无所据，未免强词夺理；中医云以机械疗疾，背乎气化，亦属主观太深。何者？六脉配合脏腑，病因确有根据；器械测验症状，能助四诊不逮；各是其是，中西不能融化，两有裨益，均属一偏之见。医者治病，须知《易经》阴阳之理。夫阴阳时令，阳为物质，阴为精神；时令循环，病体寒热。凡医家临床，当分膏粱藜藿、地方南北、时令之寒暑、躯体之少壮等事，面面兼顾。中医出神入化，须具有活泼灵敏之天资，乃能胜此重任。近年西医，突飞猛进，中医则日渐消沉，其原因何在？盖西医掠我之长，补己之短，如美日之研究《本草纲目》、法德之研究针灸治疗，风起云涌，日有进步；中医不但弗取他人之长，反被他人窃我之长，使轩岐四千余年之结晶，日益退化，放弃教育，是谁尸其咎呢？况醉心欧化者，每曰中医不合科学化，仍以欧美所有者，吾当舍己从人；欧美所无者，吾当弁髦摈弃。是非倒置，实背总理保存固有文化之遗训。要知吾国医学之价值，是从数千年人民疾病经验得来，即历代无数名医惨淡经营，耗去无量的心血换来。简言之，直不啻以千百亿兆的生命，试验牺牲换来。是此伟大成绩，吾四万万七千万人民，当赖之为‘托命符’。彼等淡焉漠焉，反以为无足轻重，尊人贱己，真岂有此理！现在国医传习所成立，莘莘学子，精勤研究，但须从根本上做起，并要迎头赶上去，取他人之长，舍他人之短，再加用己身之长，去己身之短，不宜妄自尊大，更不宜妄自菲薄。妄自尊大，是谓自暴；妄自菲薄，是谓自弃。自暴自弃，均为不可。若从现在努力去做，须先明了大体的趋向，然后局部的进步，自然有基础。”[13]
1935年8月，南京国医传习所再次招收新生，“第一次招生，已于八月二日考过”，“月底将再续招”[14]。
1936年，第一届“补习班”临近毕业之际，国医传习所呈请中央国医馆派人监督毕业考试：“定于六月十九、二十两日，举行毕业试验，并缮具分科试验表，送呈钧馆鉴核。届期仰祈派员莅所监试，以昭郑重。”中央国医馆特派秘书主任周柳亭作为代表“莅场监试”[15]，“经各科教授评定甲乙，均尚及格，随填毕业证书三十张，呈奉社会局盖印发还”后，又加盖了中央国医馆印章[16]。
1936年，焦易堂鉴于“中医伤科为吾国固有国粹，成效卓著，现为应付非常时期，此项人才尤须积极造就，以谋利社会”，在征得张简斋所长同意后，决定开办伤科班[17]。但是否举办，不得而知。
筹而未竞的中央国医专校
南京国医传习所建成以后，中医学界兴办中央国医专门学校的愿望与理想，终民国之世，一直都在不断努力争取实现。
1937年3月，卫生署中医委员会成立后，“以《中医专科学校教学规程》业经中央政治委员会议决：‘交教育部会同委员会妥为订定’，特商请卫生署指派隨翰英、张锡君前往教育部会商进行办法，并一面草拟国立中医专门学校预算，请卫生署商教育部于下年度开始时，在首都筹设国立中医专门学校”[18]。
所拟订的预算草案，共计国币24.6万元，包括临时经费15万元（建筑费10万元、设备费3.5万元、筹备费1.5万元）及第一年度经常费9.6万元（俸给7万元、办公费1.2万元、购置费1.4万元）[19]。无奈此时抗战的烽火已蔓延至南京，并被迫迁都，开办中央国医专门学校的计划遂搁置下来。
1939年4月22日，国民政府教育部公布《中医专科学校暂行课目表》并令各省教育厅查明中医学校办理情形，但延宕数年，却迟迟未见有任何主办公立中医学校的举措。
在1942年10月召开的国民参政会第三届第一次大会上，孔庚、曹昌宾分别提交了《为请求政府讯予创办中医专科学校以促进中医学术，并令卫生署于各省市县乡镇之卫生所、卫生院、卫生处兼用中医人才以利病家，减少漏卮案》及《请政府设立中医学校，用示教育平等，以重民命而利抗战案》，孔庾更是提出了《限期成立国医专科学校，造就中医人才案》：“请行政院令饬教育部迅速延揽中医学者，集思广益，编辑教材，并限期一年内成立中医专科学校，普及各省市设立分校或训练班，以发扬民族固有医药。”
大会将以上提案，合并讨论，议决如下：“以科学方法，研究我国原有医术及药材，为卫生行政机关及医药学校亟应切实注意之事，本案送请政府参考。”[20]
相关部门不但不予采纳，反而采取了一些倒行逆施的措施。1946年2月，国民政府教育部命令上海市教育局取缔上海中医学院、中国医学院及新中国医学院，公然否定已经颁布的《中医专科学校暂行课目表》；同年6月，卫生署命令各地卫生局，规定中医不得再称医师，自我违背1943年公布的《医师法》。面对政府机关“前后言行之不符，实使人痛心疾首”的情势，“上海市中医药界积极自筹十亿元，以期建立国立中医专科学校”，并“会同首都中医药界向政府请愿”，“结果尚称圆满，不日将展开筹备工作”[21]。但囿于种种原因，最终未能实现。
抗战胜利以后传习所复课
抗战胜利，国民政府还都后，停办已达十年之久的南京国医传习所，在张简斋所长的积极努力及南京医药界的募捐帮助之下，重新修葺被敌伪焚烧的长生祠并增加其他建筑设施，经过一年多的筹备，在向南京市教育局备案后，于1947年6月开始招录学生，报名者不仅男女均有，而且还有开业已数年的医师，但多数为抗战前在该所就读而未毕业者[22]。
