其实，废止中医的言论最早来自经学大师俞樾。1879年，俞樾撰写了《俞楼杂纂》，凡五十卷。在第四十五卷中专列《废医论》，全文共分七个篇章，七千余字。在文中他提出“医可废，药不可尽废”的观点，多用考证的办法揭示文献的矛盾。影响及于章太炎。章的《论五脏附五行无定说》，否定五行学说，主张完全废弃。在日本讲学期间，他影响了一批留日学生。
大约在1906-1908年左右，上文提及的废止中医思潮的领军人物余云岫（字岩，号百之）在讲习会所随太炎学习国学，随后入大阪医科大学习医，于1916年毕业。在1917年，余云岫完成了近代医学史上著名的《灵素商兑》。他既于旧学有训练，又有西方医学理论作为强有力的解析工具，以自然科学的方法验证中医，学术意义及对医学发展的影响力，均较前辈俞、章为大。今天我们关注的问题，仍不出他当年所讨论的范围：一阴阳五行是文化，中医是文化；二、阴阳五行是玄学，中医是玄学；三、阴阳五行不是科学，中医不是科学。
在中西沟通的路径上，余云岫亦持坚决反对的态度：“新医学以最新最确之解剖生理为基础，进而探求病理以求治疗；旧医以太古、太经验所得之治疗法为基础，附会了谬误解剖。空想之哲学推论而成……新旧医学本末颠倒如此，尚得有可通之路哉？”“我国《黄帝内经》，印度《光明最胜王经》，希腊希波克拉底氏之四液说，此皆同时代之产物也。故论此时代之中西医学尚有共同之可能，以其本相类似有可通之道。至于今日欧西藉科学之力已变而为新医学矣。于此而欲讲沟通之道是犹强黄白进化之种而曰黜尔聪明，塞尔睿智以与南非土人、台湾生番调和其知识也。所谓道行逆施也。”
而在具体的实施方案上，他则主张：一，宜掷大资本设立研究所；二，宜物色研究之专门人才赡其生活使牺牲于研究；三，邀请旧医老于行医、富有经验者以备顾问；四，广求江湖术士所怀之秘方，人类本能所发明之事实，以充资料。这套方案主张将中药作为科学研究的资料，开启近代中药科学研究之先声。
余云岫的思想奠基于科学救国论，他甚至将自己的行为提高到根本原则的高度：“我们今日所辩论者乃党国之大事、社会之问题，公论不可让步，私交不妨融合”，“岩之所注意者旧医存废之根本原则问题也，原则者何？学术之根本问题也，世界之潮流问题也，为解决新旧医纷争之先决问题。学术真妄是非明，存废即不成问题”“方今科学运动为我国教育之要务，诚以世界日趋大同，欲我国之竞美列强，不为牛后，则必以科学相周旋，除此别无实事求是之法。”那么，“处今之世，为今之人，况在以科学救国为急务之中国，宜挟科学以号召乎，抑挟玄学以号召乎？”
科玄论战是近代思想史上的重要事件，研究者极多，这里无须再做讨论，然而我们可以看到，余云岫将中医问题纳入科学与现代化国家，科学与玄学冲突的话语系统之内，这无疑有利于他争取崇尚科学的知识分子如胡适、丁文江、傅斯年等人的支持。当然，这与他们在学理上对科学方法的认同与提倡不无关系，更重要的是，在他们看来，科学与民主是伴生之物，因而即使在废止中医案结束的几年后，傅斯年仍对中医毫不留情地批判。这些知识分子，成为余废止中医运动的重要外援。
而对民国政府中曾留学日本的官员来说，他们曾亲眼目睹日本现代化的进程。正因如此，汪精卫提出“日本明治维新，重要措施之一，便是废止中医”，绝非一己之见，医学如何契合现代国家建设的诉求，这就超出医学本身，而与社会文化、政治制度，民族认同，社会变革相联系。据现代医疗社会史学者的研究，疾病与落伍的想象相互关联，特别是“东亚病夫”的名称，完全超出身体层面的意义，而成为一种民族的想象，不仅如此，台湾学者医史学者梁其姿发现，疾病（麻风）被用来描绘社会意义和道德意义不正确的事物，被认为是劣等人种的象征，而治疗社会被看作一种“医疗行为” （《麻风：一种疾病的医疗社会史》）。因此，医疗领域发生的变革具有重新建立中国人身体观念以及改造国民性的企图，医疗制度成为现代民族国家观念得以建构的切入点。在留日派官员中流行这种思想，是毫不令人奇怪的——这被中医派斥为假政府之手铲除中医，而现代医史研究者则认为这是西医的话语霸权。这种解释虽然不无道理，却遮蔽了整个社会政治的运作情况导致的问题。
可是，吊诡的是，这场有准备、有计划的废止中医运动，竟然失败了！不少学者认为，国民政府统一不久，不愿废止风波影响政局稳定，国民党内部的不同派系可以因此事借题发挥，而于右任、陈果夫等有巨大影响力的中医“铁杆粉丝”则为之保驾护航。这些当然是事实，但问题在于，何种原因使这场运动吸引无数人的关注，并让他们参与其中？
答案之一，自然是中医自身的力量，一是生计饭碗问题，二是中医自身的宣传渠道，这与民国政治生态的相对自由不无关联。而最根本的原因则是民族主义。只有打出这张牌，才会获得如此巨大的动员力量。一面是民族主义思想对医学现代化的阻碍，一面是通过科学重新树立民族国家的初衷，两者一起，合成内在矛盾。
余英时在《民族主义的百年历史》中揭示出，国民党早期也曾通过民族主义进行动员：“一九〇五年同盟会誓词中民族主义也只是‘驱逐鞑虏，恢复中华’八个字。北伐时期的民族主义则已是现代的，它所针对的是帝国主义的侵略。一九一九 年的“五四”学生运动是现代民族主义在中国的成熟表现，‘外抗强权，内除国贼 ’的口号事实上已为未来的北伐——规定了具体的目标。”
余分析说，国民政府的三次政权转移，原动力无不源自民族主义。笔者并非近代思想史研究专家，于政治哲学也谈不上内行，但余先生的推想，无疑为我们提供了一个重要的观察角度：不难发现，上文所述中医团体的民族主义号召，如“打倒余汪提案就是打倒帝国主义”、“提倡中医中药就是保全中国文化经济”、“保护中医就是推行三民主义”等，无一不与国民政府的合法性动员合拍。篇幅所限，不再一一举证他们的行为和口号。
提案废止之后，国民政府在实际政策上限制了中医的发展，这一时期的国家卫生建设取得极大的成绩，初具现代卫生体制规模，与国民党建立现代国家的理想也相吻合。不过，1934年傅斯年发表《所谓“国医”》和《再论所谓“国医”》，建议取消“所谓国医”，又掀起了一场中医存废的激烈争论。然而，这一次，中医为自身辩护的理由，仍然不出民族主义的思想范畴：调整卫生行政机构，中西并重，渐求汇合为一，增进民族健康以利抗战。
然而，不论中医如何自辩，随着现代医学的兴起，中医在民国的命运，其实是逐渐走向低落的。中间这些插曲，足令今人思考。知识分子关于中医观念的转变，其实不单关乎对人体、疾病的认识，而是整个世界观的变化。对此，英国科技史家赫伯特巴特菲尔德在《现代科学的起源》中有生动的描述：
我们发现，无论在天体物理学中，还是在地球物理学中，变化首先都不是来自新的观察或额外的证据，而是来自科学家本人心灵中发生的转换。最难引发的是如何处理和以前一样的一堆材料，但却通过赋予它们一个不同框架而把它们置于一个新的关系体系之中，即使对于尚不缺乏灵活性的年轻心灵来说也是如此。
