10月21日，台北地检署以诈欺、伪造文书、违反“食品安全卫生管理法”等罪名，起诉顶新制油前董事长魏应充、总经理张教华等人。台湾媒体分析称，魏应充最重可判30年有期徒刑。21日上午，台湾行政机构负责人江宜桦在接受质询时表示，“行政院食品安全办公室”将于22日正式运作，并安排“警政署”对台湾进行黑心食品“大扫荡”。
顶新前董事长遭起诉，愿立即捐2亿新台币但被拒
据台北地方法院检察署官网消息，10月21日，魏应充、张教华及顶新制油、味全两公司的管理层、基层职工共13人遭起诉。其中基层员工涉嫌篡改检验报告，检方建议酌情量刑，而对于法人味全公司，检方建议科以最重的罚金。
2013年10月，台湾爆发大统黑心油事件，魏应充曾公开表示“食品是良心事业”，但检方调查后发现，味全贩卖的油品，正是向大统长基购买的含铜叶绿素的黑心油。此外，魏应充在遭检方传唤时，表示自己不知情，将责任推给下属。但员工的证词显示，“董事长（魏应充）指示以成本为考虑”。
检方认为，味全是食品大厂，魏应充深知生产的产品为社会大众接受，产品与民众健康相关，但没有生产更优越的产品，反而受贪婪心驱使，利益熏心，以降低成本为唯一要求，欺瞒消费者，事发后卸责于下属，因此建议法官判以法定最重刑。据台湾媒体分析，如果按一罪一罚来计算，魏应充最重可合并求刑30年。
魏应充曾向检方表示，愿立刻捐款2亿新台币（约4000万人民币）的头期款作为“全国食安基金”，并无限期的每年缴交2000万新台币（约400万人民币）现金作公益，以换取暂缓起诉，但遭到检察官拒绝。
台湾将展开黑心食品大扫荡
魏应充遭起诉，这对台湾当局处理黑心油事件而言只是一个开端。10月20日晚间，马英九召开黑心油问题曝光以来的第二次高层会议，他表示，食品安全问题对台湾影响甚重，不仅造成产业的巨大损失，更动摇民众的信心。
10月21日上午，江宜桦在接受质询时称，“食安办”将于22日正式运作，其编制约20至25人。此前，台湾的食品安全管理主要由“卫生福利部食品药物管理署”负责，此后“食安办”将引入“农业委员会”、“环境保护署及经济部”进行跨部门协调。
江宜桦介绍称，有民众呼吁设置食安警察，这一职责将由“警政署”的保七总队第三大队的约100名警力承担，该大队将与各县市政府、地检署合作，会把食品安全问题列为优先工作重点。他表示，“警政署”将规划全台湾大扫荡，会动员刑事警察对辖区内黑心食品工厂进行查报，类似扫黑的大扫荡行动。
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