网络医院的后端是药品配送，快速低廉的物流体系是药品配送的难点，也是提高消费者粘性的关键。
据倪剑文介绍，在医生下达电子处方后，经患者同意，电子处方将到达阿里健康信息平台，然后由平台派发给天猫医药馆的商户，由商户提供药品和配送。
2月3日，国内最大的民营医药物流企业九州通公告称，湖北省食药总局同意九州通下属全资子公司好药师大药房连锁有限公司(下称好药师)试点开展武汉市中心医院门诊药房部分药品远程销售配送业务，并准予好药师在互联网上结算相关费用。
这证实了此前财新记者所了解的九州通正与阿里健康联合试水网络医院，并借此打通网售处方药环节：线上看病、处方药线下配送。通过合作，九州通为阿里提供及时配送路径，阿里为九州通提供了处方药上网的关键环节——在线医院，先期试点的就是武汉市中心医院的部分药品远程配送。
湖北正是九州通的大本营所在。一位知情人士介绍，医生开具电子处方后，阿里会直接派送到位于天猫医药馆的好药师大药房，并提供消费者电话及地址等信息，九州通位于武汉的仓库进行分拣集单、配送到县城一级，再由阿里村淘的菜鸟网络配送到村一级。
在速度上，“当天15时以前的订单，次日下午就能送货上门”。上述知情人士介绍，在价格上，处方药由国家统一定价，九州通不加价;OTC(非处方药)则由市场定价。“九州通都是直接从厂商拿货的，所以价格上也有优势，村民买药肯定是划算的。”目前都是向村民免费配送，物流成本由九州通与阿里平摊，“九州通补贴到县，阿里补贴到村，一单补贴10元左右”。
“最大的难题在于，物流需要规模经济降低成本。前期处方量不足，如果不能快速跑量，成本补贴将难以为继。”刘谦认为。
乌镇互联网医院与国药集团、金象网等也展开了战略合作，国药集团可根据电子处方为患者及时配送药品，或者让患者就近自提，但在配送速度和收费标准上尚无明显优势。
然而，目前帮助在湖北网络医院试点中解决药品物流问题的九州通未来亦极可能成为阿里的竞争对手。九州通自2011年起涉足医药电商业务，2015年开始重点布局网络医院，其全资子公司好药师与北京中环肛肠医院签订战略合作协议，意图打通电子处方环节。
“阿里健康的根本目的是做平台，从入驻天猫医药馆的药企和药店方面抽取平台服务费用。目前只针对好药师导流，显然无法真正实现阿里的商业目标。”刘谦说。
2014年1月，阿里斥资13亿港元入主中信21世纪，拿到了药品监管码平台和医药电商直销牌照，将空壳公司更名为阿里健康，并于2015年4月注入天猫医药馆，8月推出“未来医院”计划，开始深入线下医药零售环节。
但网售处方药的政策在几度风传后迟迟不肯放开，导致阿里始终无法吃到处方药这块“肥肉”。国家药品监管总局数据显示，截至6月底，医疗器械、OTC药品及计生用品三大类目合计占天猫医药馆总体销售额的98%。
中国医药电商近年呈现井喷式发展，互联网巨头、药企巨头、药商巨头都想分食。中国医药物资协会数据显示，2010-2013年，中国医药电商规模年均增速达到250.35%，网上药店规模也从35家增长到132家。2014年市场容量进一步扩大，全年销售规模达到100亿元，网上药店数量达到249家。
仅从平台竞争来看，2014年年末，京东拿到了互联网药品交易第三方平台的牌照，至此，京东、天猫、1号店都成为合法的医药电商流量平台。刘谦分析：“众多竞争对手进场，阿里想一家独大，形成像淘宝一样的基于跑量的平台经济并不容易。”
阿里湖北网络医院的样本隐含了多重前提条件：医院必须取消药品加成;地区行业排名三位以后，有分级诊疗体系;物流配送企业专业、快速、低廉，至少在省级范围内全覆盖。“同时满足这些条件的地方并不好找。”一位业内人士认为，与微医集团想打造的独立封闭的凯撒模式医疗服务圈不同，阿里需要快速复制和导流才能形成利润点。
与此同时，阿里承担的药品监管码平台也备受争议。2015年“两会”期间，阿里因销售药品监管码相关的信息资源和互联网产品而遭到药品制造、销售及流通企业的集体反对，国家食药总局不得不出面表态，称药品监管码相关信息绝不能用于商业服务，叫停了阿里的变现企图。
2016年1月26日上午，湖南养天和大药房企业集团有限公司一纸诉状投至北京市第一中级人民法院，同时在京召开新闻发布会，通告起诉国家食药总局。诉讼表面看是药品零售企业对国家食药总局的“民告官”，实质矛头直指药品监管码实际运营方阿里健康。
1月27日上午，国家食药总局在北京召开药品电子监管工作座谈会，副局长孙咸泽在内部会议明确表示，将收回阿里健康对药品电子监管系统的运营权，并将与会企业的意见上报国务院。
一位接近阿里健康的人士对财新记者表示，在所有权和运营权方面，药品电子监管码一直属于国家食药总局，阿里健康只是“代理运营”，国家食药总局作为运营权的实际拥有者，随时可以让阿里健康出局。
失去监管码，几乎令阿里健康的前身——中信21世纪价值尽失。市场人士认为，药品电子监管码是目前阿里健康最大的砝码，也是给资本方讲述的最有吸引力的、独一无二的故事，这个故事如果不在了，阿里只能重新寻找医疗领域的其他道路。
