有关人士认为，网络“黑药店”发现难、查处难，主因还在于监管乏力。“当前政府相关部门监管责任不明确，部门和地区间缺乏协作打击机制，难以合力实施重拳出击。”四川省食品药品监管局药品市场监管处处长谢伟表示，“如果像‘网络扫黄’那样整治，网络‘黑药店’就会无处遁形。”
颜江瑛坦言，互联网存在虚拟性，被查处的非法网站换一个名字可能又重新注册，这是全世界打击互联网销售假药面临的共同难题。她表示，国家食品药品监管局对互联网进行密切监测，一旦发现非法药品网站，就及时向社会公布并移交相关部门。为加大打击力度，目前已建立打击制售假药部际协调联席会议制度。
“打击网络‘黑药店’，必须规范和查处网络服务商。”天津市法律专家潘强建议，政府部门在查处网络“黑药店”的同时，必须强化对门户网站的审查责任追究，加大惩处力度，斩断网上制售假药的利益链条。