神经系统的紊乱也可严重影响男女两性的性功能。这些包括大脑额叶和颞叶疾病（如肿瘤、神经损伤、血液凝块）和脊髓病（如不正常发育、退行性情况、损伤）（专题15-1）。癫痫通常不导致性问题。
脊髓和骨盆神经很容易在战争或车祸中受到损伤，但对阴部的击打以及竞技意外也很容易使它们受到损伤（比如撞到一名运动员的膝盖上），即使只是骑一辆车座过高的自行车也存在这种危险。在最后一种情况中，当危险因素去除后，性功能会快速恢复，但是在那种脊髓受伤的情况下，神经不会再生。很多人都患有慢性下腰痛，这种病除非造成急性疼痛，否则不会影响性功能。
血液循环失调
任何对骨盆区域血液供给的干扰都可能导致性功能障碍。胆固醇升高和高血压会破坏供给生殖器官的动脉。造成心血管疾病的主要因素，比如抽烟，结果被证明也与性功能障碍有关，据报道在一家诊所就诊的性无能男性中有80%是抽烟者（Goldstein，1987）。
静脉也会出现问题。正如我们在第3章中看到的一样，为使阴茎充血，流入的血必须增加，而流出的血必须减少，如果静脉漏血则有可能使流出的血过多（Booksteinetal.,1987）（这就好像你想往一个浴缸里注满水，可是却没有塞好放水口）。这种问题在老年男性中更常见，所以他们的勃起更无力也更短暂。
性功能障碍或许是某些其他的血液循环疾病的间接结果，例如，中风患者的性欲望会有大幅度的下降，在一组平均年龄为68岁的中风者样本中，享受性生活者的比例，男性从中风前的84%下降到30%，女性则从60%下降到31%。即便如此，精神因素依然是非常重要的，造成性生活频率下降的最普遍的原因被证明是害怕性交会导致又一次的中风（Mongaetal.,1986）。
同样的原因也会扰乱有心脏病史者的性生活。在这方面男性比女性更容易受伤害。在一项研究中，曾犯过心脏病的受访者当中有76%患有性功能障碍（42%患有勃起障碍），而在另一个健康状况相似但没有心脏病史的小组当中，这个数值是68%。咨询可以减轻有关"性生活已死"的焦虑以及相关的恐惧（Dhabuwalaetal.,1986）。有了良好的医疗监控，即使曾犯过心脏病的人也可以进行身体活动和锻炼，并获得健康且活跃的性生活。
糖尿病是另一个例子，虽然这是一种内分泌失调（与碳水化合物的新陈代谢有关），但它通过对动脉和神经造成的损伤导致勃起障碍。这种疾病与男性中大量存在的性功能障碍有关。有些糖尿病对女性有很少甚至没有影响，但也有一些会降低女性性欲望和高潮能力（Schreiner-Engeletal.,1987）。
