中医有自己的一套概念和推论方法。不能仅仅因为自己不懂另一套范式，就说它毫无价值，把近代西方发展起来的科学体系看作绝对的标准本身。
前几年在发生过一场有关中医的争论，中心问题是中医是不是科学。有人认为中医不符合科学的标准，要予以否定。有人认为中医应当科学化，这才是拯救中医的唯一出路。还有人认为中医应当加以保护，但没必要非得给它戴上“科学”的桂冠。由于近现代科学在各个领域中表现出的令人信服的力量，“科学”这个词已经常常被用作为“正确”或“合理”的同义词。而“不科学”也等同于“错误”，甚至是“没有价值”。
科学精神要求我们对任何科学体系不迷信
“科学”指的是从近代以来所逐渐形成的一整套科学体系，包括它对世界的一些基本的(往往以公理的形式被确认的)看法、它所遵循的基本的方法论原则、及它对真理的基本的检验标准。
“科学”还有另一个含义，指人类认识世界和认识自身的孜孜不倦的求真知的活动。科学是无止境的。在科学精神指导下的科学活动中，没有任何一个科学体系可以宣称自己已经达到了终极真理。
对“科学体系”与“科学活动”这二种概念缺乏明确的区分，在许多问题的讨论上产生了混乱。例如任鸿隽、冯友兰等认为中国向来无科学，有些人如李约瑟却又认为中国古代有着辉煌的科学成就，只是在理论科学上相对落后。前者讲的是中国向来无西方近代意义上的科学体系，而后者讲的是中国古代有着辉煌的科学认知和技术活动。
其实，近代科学体系是在科学精神指导下的科学活动的结果，才使它得以冠上“科学”的美名。一旦它自封为检验其他体系“是否科学”的标准，它就违背了科学精神的基本要求，从而把自己放到宗教信仰的位置上去了。可以说，科学精神本身就要求我们对任何科学体系都不迷信。
近代西方科学体系与
中国传统医学
近代科学体系的哲学基础之一，是西方原子论式的现实观。这种本体论的观念认为所有的事物均有一独立自存的、可以用概念去把握的本质，因而可以不依赖它与他物之间的关系而被理解。
这种理论原子论的思想方式，在医学上容易导致把人体当作一架精致复杂的，由细胞、神经等等作为基本部件的机器。这种理论指导下的医疗实践，就会专注于人的生理的、细胞学的机制，从而忽视包括精神在内的整体的人，以及个人和家庭、社会等等的联系。
中国传统的世界观则体现了“整体论”。中医的基本理论概念，无论是“阴阳”、“五行”、还是“气”，都蕴含着把人看作一个整体，一个和包括气候、季节、乃至社会环境在内的世界有不可分割的联系的纽结。在这种思想的指导下，中医讲究辨证施治，从整体上考虑健康问题，从“本”上来排除病因。在中国传统哲学中没有心灵与物质、主体与客体的截然分割。人不是被看成纯意志决断的主体，物也不是无价值无目的的操作对象。
中医的病理学理论把喜、怒、哀、乐、悲、恐、惊作为导致疾病的七个内因而与风、寒、暑、湿、燥、火六个导致疾病的外因并列，而且发现了喜伤心，思伤脾，忧伤肺，恐伤肾，怒伤肝之类的联系。因此中医往往会超出对病人的生理状况的关注，而注意到病人的心理状态和思维方式，并将它们也看作整个人体健康的有机组成部分，甚至把正心看得比外在的药物和针灸治疗更加重要和根本。唐朝儒医孙思邈指出：“上医医国，中医医人，下医医病。”这些思想都不仅把包括心在内的人作为一个整体来待，而且更进一步把个人的健康和社会、与国家社稷的兴衰联系起来了。
