按照医改工作安排，医保、医疗、医药继续联动改革，医保体系的建设成为最大亮点。
基本医保人均补助标准提高到280元，实现连续5年增长，大病保障、疾病应急救助等制度稳步推进实施，三大医保管理职能整合等。
继续鼓励商业保险经办医疗保障管理
7月24日，《深化医药卫生体制改革2013年主要工作安排》公布。
按照安排，在参保（合）率稳定在95%的基础上，今年城镇居民医保和新农合政府补助标准提高到每人每年280元，比去年增加了40元，提高了16.7%，预计人均筹资达到300元以上；城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用支付比例分别提高到70%以上和75%左右，门诊医疗保障待遇也会适当提高。
在大病保障和疾病应急救助方面，推进城乡居民大病保险试点，继续开展儿童白血病等20种重大疾病保障试点工作，完善城乡医疗救助制度，加强各类保障制度间的衔接。落实今年初公布的《国务院办公厅关于建立疾病应急救助制度的指导意见》，制定疾病应急救助基金管理有关文件以及需紧急救治的急重危伤病的标准和急救规范。
医保的管理和服务方面也将继续改革：
深化医保支付制度改革，推动建立医保经办机构与医疗机构、药品供应商的谈判机制和购买服务的付费机制，建立健全考核评估和质量监督体系，防止简单分解额度指标的做法，防止分解医疗服务、推诿病人、降低服务质量；
统一规划，推进基本医疗保险标准化和信息系统建设。选择在部分省份试点，探索建立跨省异地就医即时结算机制；
继续鼓励以政府购买服务的方式，委托具有资质的商业保险机构经办医疗保障管理服务。目前全国已有多个地区开展商业保险机构经办基本医保的试点；
整合职工医保、城镇居民医保和新农合的管理职责，做好整合期间工作衔接，确保制度平稳运行。“三保”管理职责整合，究竟放哪个部门，此前已多番讨论。而前段时间公布的卫生计生委三定方案也没有给出答案，该部委三定方案提出，负责协调推进医药卫生体制改革和医疗保障。目前，新农合管理职责仍在卫生计生委。
国务院医改专家咨询委员会委员、中国科学院院士、北京协和医学院校长曾益新认为，这几年医保的投入逐年增加，地方政府财政中投放到医疗（包括保险和医院建设等方面）的资金所占财政支出的比重大大提高，有的地方政府甚至尝试利用政府财政来推行全民免费医疗。这是巨大的进步。
