90%的艾滋病患者在疾病的不同时期都有神经系统症状，可发生艾滋病性脑炎，这时可有进行性认知能力减退，并伴有运动及行为的异常。巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、弓形虫、梅毒等都可引发脑炎。
HIV、巨细胞病毒、结核杆菌、卡波西肉瘤都可能引起血管病变。
胸腺、甲状腺、胰腺、肾上腺、脑垂体等也会发生病变。睾丸产生病变时睾丸萎缩、精子减少。
10%~30%的艾滋病患者有肾功能障碍，早期表现为蛋白尿，晚期可发生尿毒症。
艾滋病还可引发结膜炎，严重者丧失视力。
消化系统为机会性感染常发部位，表现为长期性、持续性、严重性腹泻。
