男女两性的性器官结构是天然契合的（图15.2），阴茎之间和阴道之间大小、形状上的差别从来都不是性功能障碍的原因。松弛、润滑的阴道作为一个富有弹性的器官，在性交时可自动扩张至一定程度以适应勃起阴茎的需要。
性功能障碍可由急性（短期）或慢性（长期）、全身（影响到整个系统，尤其是血液循环系统、神经系统和内分泌系统）或局部（只影响到生殖器区域）疾病引起。消耗性疾病（如癌症）、退行性疾病、重症感染以及机体各脏器功能紊乱等都可间接地影响性功能；局部紊乱，如骨盆感染，可更为直接地影响它。这些疾病的共同点是诱发疼痛，对性唤醒、性兴奋和性享受有抑制或衰减作用。1/3的慢性疼痛患者报告说经历了性关系的恶化（Maruta和McHardy，1983），引起疼痛的最常见的理由我们在之前已经讨论过了。
外伤
意外伤害或外科手术所造成的损伤可能会影响到骨盆的血液和神经系统。某些类型的男性前列腺手术会损害这个区域的神经。患者在考虑进行前列腺肥大手术时应对性功能减弱的风险系数进行咨询。现在更新的外科手术技术已经将这种风险大大减轻，尤其是在年龄低于70岁的男性中，即使进行针对诸如前列腺癌症这样的大手术时也不会像以前那样危险（Sullivan，1987）。同样地，可能损伤女性性器官的外科手术如产科损伤、难复性会阴切开术常常会引起性交疼痛。特别重要的是对前绝经期女性实施的完全子宫切除术（即除了子宫外卵巢也会被切除）。一些经历这种手术的女性会性欲下降，这种影响是非常严重的，尤其是在这些女性没有被预先警告过的情况下（Wigfall-Williams，1987）。
分娩的一个可能后果就是阴道周围的肌肉由于撕扯而失去弹性，这一改变可能会造成性交过程中的肌肉紧张和高潮抑制。
内分泌紊乱
完全子宫切除术去除了雌性激素的主要来源--卵巢。其他内分泌紊乱性疾病包括甲状腺机能减退、垂体机能减退、性腺机能减退、糖尿病和某些肝脏疾病如肝炎和肝硬化等。从最新研究成果看，雄激素（睾酮）的缺乏也是一个比原先预想重要得多的性功能障碍的原因。苏利文（Sullivan）1987年对105例阳痿患者进行研究，发现35％存在下丘脑-垂体-性腺轴功能低下。可见，在治疗性功能障碍过程中，首先控制器质性因素是非常重要的。
神经系统紊乱
