根据方案，在总结北京友谊医院等5家医院的试点经验后，全市公立医院将加快推进医药分开。具体方式包括：统筹考虑各级医院特点，制定有利于实现分级诊疗的医事服务费价格政策，医事服务费纳入医保报销范围；实施医药产品阳光采购，改革支付方式，加强医院内部管理，完善政府投入方式，切实降低医药价格；同步调整医疗服务价格，逐步理顺公立医院补偿渠道，建立科学合理的补偿机制。探索患者可自主选择在医院门诊药房或凭处方到零售药店购药的途径，破除以药补医机制。
自2012年起，北京友谊医院、朝阳医院、同仁医院、天坛医院、积水潭医院5家市属医院分三批实施医药分开，取消药品加成、挂号费和诊疗费，设立医事服务费。北京市医管局局长封国生此前表示，截至去年2月底，5家试点医院门诊医保患者的药品占比由过去的70%下降到了现在的58.8%，门诊次均医疗费用减少了54.84元，次均药品费用（门诊看一次病的用药费用）减少了82.85元。患者个人的自付费用减少了60.4元。
北京市医改办相关负责人指出，新落地的公立医院改革方案，为达到“腾空间、调结构”目的，取消药品加成，实施阳光采购，为医药分开和医疗服务价格调整腾出空间。特别值得关注的是，新政对不同区域、不同层级、不同类型的公立医院，在医保支付、价格调整、财政投入、绩效考评等方面实行差别化的改革政策。
北京商报记者也注意到，方案指出，在取消药品加成（中药饮片除外），建立公立医院医药分开的运行新机制过程中，市属医院、区属医院、国家卫计委委属委管医院医药分开工作，由各医院上级单位负责组织实施；军队、武警部队、事业单位、国有企业等举办的医院，由各举办单位负责组织实施。对此，汪兆平分析，北京公立医院的上级单位非常复杂，且没有一个能够统筹管理的部门，这增加了改革的难度。
另外，也有业内人士认为，在方案中涉及“北京要改革医院药事管理制度，探索建立总药师制度，开展处方负面清单管理和处方点评”的提法非常新颖，具体操作方式很可能是在医管局药事处下设总药师办公室，从市属三级医院中聘请药师，负责多家医院用药质量与安全，防治用药过度。不过，三级医院中一直设有药师一职，但对过度用药等问题并未起到很大的管控作用，未来总药师制度如何执行还有待细化方案。
“其实，几年前国家卫计委就曾提出，到2015年要破除以药补医，但现在来看，时间节点正不断后移，也折射出这一政策推行的难度很大。”汪兆平说，“破除以药补医，不是简单的取消药品加成，当医生服务价格过低、药品招标采购存短板以及大型公立医院长期占据市场垄断地位等行业痼疾难破，通过高压手段可以短时间见效，但要想长期切断以药补医的利益链，必须多政策共同推进，互为支撑。”
