试点两天运行下来，财务数据显示，取消药品加成后，友谊医院的收入并未出现明显减少：两天来，药费方面，尽管医院共向患者让利37.9万元，但由于医事服务费高于既往的挂号费、诊疗费；因此，试点前后，医院收入基本持平。从目前的初步效果看，友谊医院的改革试点，也实现了北京市政府确定的“患者负担不增加、医院收入不减少”的目标。
而增加的医事服务费中，有40元也可直接从医保渠道报销，甚至无须动用病人医保账户里的余额。北京市一人力资源部门官员表示，这次医改中，40元的医事服务费不动用患者医保累积余额就可以直接报销。至于医药分开全面实行后如何报销，则要另行研究。
医保为每次诊疗埋单40元医事服务费，无疑让患者和医院皆大欢喜。但北京市人社局副局长孙彦表示，若全北京公立医院都取消药品加成，增设医事服务费，并且均由医保报销每人次40元的医事服务费，那么，医保每年将为此多掏13亿元。
而对院长刘建来说，医院的收支是他最关心的事情。直接从收入中砍掉的药品加成，是医院利润来源中的重要组成部分。刘建说，根据测算，取消药品加成、取消挂号费和诊疗费、增设医事服务费并获得医保每人次40元的医事服务费补偿后，友谊医院一年的收入同上一年相比，会出现200多万元的差额。
不过，北京市医管局宣传处副处长张海鸥表示：“在改革中，医院如有亏损，政府全部包底，不会让医院亏损。”
而在7月2日的友谊医院医改新闻通气会上，北京市财政局副局长师淑英说，此次北京市公立医院改革方案明确了财政补贴的政策：医院的基本建设、大型设备购置、公共卫生、学科建设、离退休人员的工资收入、政策性亏损等六项，均可获得财政补助。
至于医院的增收因素，师淑英说：“医保的全覆盖(城镇居民和城镇职工医疗保险覆盖了城镇全体居民和职工)也促进了医院收入的增长。另外，医院的发展是靠投资人的投资，运行是靠自己的服务。”
拿什么激励你，不乱开药的医生？
北京大学教授、北京大学中国医药经济研究中心主任刘国恩，曾参加卫生部医改方案的研讨。他认为，药品集中招标采购实施后，很多价格低廉的药品很快就会从医生的处方里消失。因为，目前国家对药品购买主体定价的规定，是在进价基础上顺加15%，药价越高，加价的绝对数就越多，医院作为购买药品的主体，当然希望购买高价药品。所以，这种行为和现象虽体现在医院和医生身上，但根源在于体制和政策。
北京市医改办主任韩晓芳介绍，为更好地推进医药分离试点，北京还将和香港医管局共商医改大计，拟从香港聘请药剂师进驻各医疗机构，以提高用药合理性，降低药品费用。
根据试点效果，北京市将改革药品招标采购，采用统一或团队采购方式，将药品价格中的水分挤出来；同时，还将采用物流配送方式，以降低中间环节费用，建立价格谈判机制，进一步降低药品价格。
有观点认为，医院取消药品加成，医院以进价销售药品，看似切断了医院以药养医的问题；但是，如果医生从医药代表那里获得提成的比例并无改变，医生在开处方时还是会像从前那样大手大脚。因此，尽管病人从医院买药的价格相比改革前有一定的降低，但医生开大处方、滥用抗生素等问题，依然难以杜绝。
关于“大处方”问题的产生，刘国恩在接受时代周报采访时说，医务人员工资(主要指财政工资)远远落后于其他行业，所以，医院和医生在提供医疗服务时，在不能改变单次服务价格的前提下，可通过增加服务数量的方式来获得更多的收入，而这些过量服务的埋单者是患者。
取消药品加成后，如何杜绝医生开“大处方”的现象？
对此，北京市医管局副局长潘苏彦表示，医管部门将采取多项措施，对医生开药行为进行监督，医院正在建医生的职业档案，医生如果有违反规定的不良行为将记入职业档案。
刘建表示，友谊医院同时试行的还有医保付费制度改革，包括总额预付费和按病种分组付费，在医院形成病种包干付费等内部控制费用的机制-在这种机制下，若有医生开大处方，就会伤害到其他人员、医院整体的利益，因此“大处方”将得到约束。
“如果超过处方的最大限制额度，将直接停止医生的处方权。”该院医务科一副主任表示。
此外，在医药分开的执行过程中，院长起了很多的作用，于是很多地方提出重新进行院长选拔的思路，但有评论称，这依然没有突破体制束缚，仍然是从体制内选人才，而没有“不拘一格降人才”。
一位不愿透露姓名的北京三甲医院院长说，医药分开，取消药品加成，只是解决医院加成赚钱的问题，但不能从机制上有效解决医生开方提成、拿回扣的问题。
