不孕不育症经专家进行相关检查后，约有90%的夫妇可以查出原因，另外约10%的夫妇找不出原因，被称为“原因不明的不孕症”。在找到的原因中，单纯女方因素约占40%，单纯男方因素约占20%，男女双方都有不孕因素的约占20%。
有关女性不孕的主要原因如下：
1、内分泌系统有问题影响排卵：某些遗传性或先天性疾病引起卵巢不发育或发育不良而致卵巢中无正常卵泡发育，或卵巢中虽有卵泡发育，但由于内分泌系统紊乱而使卵泡不能发育成熟或排卵。卵巢的功能是受下丘脑、垂体和大脑皮质的功能所左右，如果上述各部位功能失调均可造成卵巢功能紊乱和排卵障碍，如温度、焦虑、忧伤、高度精神紧张、环境突然改变、营养不良等全身性疾病均可导致下丘脑-垂体-卵巢轴的功能紊乱而抑制排卵造成不孕。另外，体内其他内分泌腺如甲状腺、肾上腺、胰腺等功能失调亦会影响卵巢排卵和黄体形成而致不孕。
2、精子和卵子结合时遇到了机械性屏障：女性不孕症约有40%为精子与卵子结合障碍所致，障碍主要是生殖道阻塞，如先天性无孔处女膜，先天性无阴道使性交活动受碍，子宫、输卵管畸形，输卵管炎症阻塞以及生殖道本身或生殖道以外的肿瘤压迫使生殖管道解剖改变，均可阻碍精卵结合。而造成精卵结合障碍的原因中，以盆腔炎及子宫内膜异位症所致的输卵管阻塞和粘连为主要原因，计划生育等宫腔手术造成的宫腔粘连也是影响精卵结合的原因之一。
3、宫颈和子宫的结构或功能有问题是较为重要原因之一，占女性不孕的10%-20%。宫颈中重度糜烂、息肉、宫颈裂伤、闭锁、位置异常及排卵期缺乏应有的宫颈黏液变化（稀薄而透明的变化，pH在7.2-7.5），均可影响精子的活动力和穿透宫颈的能力，使精卵结合受阻。
中医认为女性不孕症由如下原因引起：
1、肾虚肾为先天之本，藏精气。肾中精气（阴阳）的肾衰，主宰着人体的生长发育及生殖功能的成熟与衰退。肾虚与子宫发育不良亦有着密切的关系。肾虚具体可分为肾阳虚和肾阴虚两种。
2、肝郁素体肝旺，或抑郁、焦虑、急躁，导致肝气失调，气血不和，冲任不能相助；或脾肾不足，不能助肝用，或营血亏虚，不能养肝体，导致肝郁气滞而不孕。
3、痰湿素体肥胖，或恣食膏粱厚味，脾虚不运，肾虚不化，痰湿内生，气机不畅胞脉闭塞，不能摄精成孕。
4、湿热因行经、房事或其他检查以及手术等，湿邪乘虚袭入，蕴而生热，损伤冲任督带可致不孕。或因肝经湿热下注，奇经亏损，亦不能摄精成孕。
5、血瘀经行或术后，瘀血留住，或者风寒入侵，与胞脉相搏结以致留瘀；或肝郁气滞，冲任停瘀，瘀阻于内，两精不能交合以致不孕。
西医对女性不孕原因的认识
（一）外阴、阴道发育异常
1、两性畸形 真两性畸形较为少见，是指同一患者体内睾丸与卵巢组织同时存在。假两性畸形有：睾丸女性化、先天性肾上腺皮质增生症、卵巢男性化肿瘤等。
2、处女膜发育异常 如处女膜闭锁、筛孔样处女膜、处女膜坚韧。
3、阴道发育异常 包括先天性无阴道、阴道完全闭锁和部分闭锁、阴道横隔、阴道纵隔。这些因素造成性交障碍、精子受纳减少、精子上行困难等，引起不孕不育。
（二）子宫发育异常
子宫发育异常是不孕不育的常见因素，多由副中肾管发育异常引起。
1、先天性无子宫，常和阴道畸形并见。
2、先天性宫颈狭窄或闭锁，常因副中肾管下段管腔形成和融合不全所致，而卵巢功能正常。
3、子宫中隔或宫颈中隔。
4、宫颈管发育不良，包括颈管发育不良和宫颈管黏膜发育不良两种。
5、子宫发育不良是指子宫小于正常，有人报道1 405例原发性不孕，伴有子宫发育不良占60.9%，轻度发育不良占40.8%，重度发育不良占20.1%。一般认为单纯性小子宫，并不一定造成不孕不育。
宫颈管是精子上行到子宫和输卵管的必经通道。在性周期变化中，黏液的分泌也相应改变，如果宫颈管的解剖结构和宫颈管腺上皮的分泌功能有异常，也会影响生育。
（三）输卵管发育异常
输卵管发育异常，有输卵管缺失、先天性输卵管逶延扭曲、先天性输卵管憩室、先天性输卵管多口、多余输卵管等，还有输卵管发育不良，肌层菲薄、输卵管纤细，小利于收缩，影响对精子、卵子、受精卵的输送。
（四） 卵巢发育异常
卵巢发育异常有卵巢发育不全、副卵巢、卵巢未发育等。