因为阴道接近子宫和卵巢，做阴道B超的图像更清晰，分辨率也高，可清晰观察到细小病变，并能探测到子宫及卵巢血流情况，因此检查结果较准确，特别适合用于检查子宫内膜等小病变、卵泡发育情况、观察早期异位妊娠等。相对而言，腹部B超适合用于诊断大的病变，以及不适宜使用阴道B超检查的受检者。临床上，医生有时会把腹部B超和阴道B超检查结合起来，互为补充，达到最好的诊断效果。不过，阴道B超虽简单，但不是人人适合。未婚女性，有阴道出血、中晚期妊娠和妊娠期流血、过大的盆腔肿块这类情况的人不宜使用。
一般妊娠早期阶段，妊娠囊相对较小，阴式超声能更早确认胎囊位置，更早地看到原始血管搏动(最早的胎心搏动)。但妊娠三个月以后主张做腹部超声，因为阴式超声看的范围小，而腹部超声可以看到更大的范围。
