四层为手术室，毗邻产房与外科ICU，为危急产妇以及其它急重症患者设置绿色通道。冷冰冰是大众对手术室的刻板印象，但医院设置的小儿患者家属陪护制度使得这里温暖起来，医院允许一位家属陪伴患儿进入术间，待患儿麻醉后，手术室护士再引领家属回到等候区等候。
重症监护室
重症监护室是生命守护的重阵，医院紧跟国际趋势，ICU全部采用独立单间。每个房间均为独立的空气净化系统，且每个房间的仪器不出屋、不共用，最大程度地避免交叉感染。两屋之间设置室外观察窗及书写桌，有利于护理人员在进行文书记录时及时观察患者。
左：普通病房 右：产科病房
产房集体迎接新生儿
住院病房分布在五至十三层。为了使术后患者拥有良好的休养环境，医院将最好的空间都规划给了患者，向阳区域为病房，中间无窗区域为医疗操作空间。病房标准配置为三人间，为保护患者隐私，每一床均有透气的围帘区隔，拉上围帘即可享受单间待遇。病房顶灯不直射；空调出风口不直吹病床；独立卫生间设有淋浴座椅，并配套紧急报警装备；皮质陪护椅可座可躺，让家属得到片刻的舒适。为方便产妇与新生儿的照护，医院产科病房为两人间，配备婴儿推床与小沙发，为迎来新生命的家庭提供温馨舒适的环境。
医院急诊
北京清华长庚医院自2015年开通急诊，并于2016年成立“心脑血管病救治中心”，为突发心脑血管疾病的患者开通抢救的绿色通道，保证该类患者入院抢救的最佳时间。2017年医院获批国家级高级卒中中心及脑卒中筛查与防治基地。
二层连廊
医疗大楼与行政楼之间由一连廊链接，这也是医院文化展示的一个窗口。医生与行政人员可以经由这个通道，完成医疗场所与用餐、行政办公功能之前的穿梭。患者也可以在候诊时间来到这里欣赏风采主题展。
行政大办公室
清华长庚施行“医管分工合治”的管理模式，所有的行政事务由专业化的行政团队负责。行政楼即为行政人员的办公区，走进三层的办公区，一个个标准化隔间，一个个部门紧相连，办公沟通高效便捷，一眼望去仿佛是办公桌的海洋，就是这片“海洋”承担起医院全部行政事务。
公共实验室
医、教、研协同发展。2017年，医院公共实验平台正式开放，总面积1150平方米，平台遵循“主任负责、项目管理、基础支撑、有偿服务”的原则，为研究人员提供分子生物学实验平台、蛋白质实验平台和细胞生物学平台。临床医学研究发展步入新阶段。
医院自然环境一览
从医疗大楼的住院部走出，即是医院的“中心小花园”。春天的玉兰和紫荆、夏天的海棠和国槐、秋天的银杏和红枫、冬天的雪松和油松，患者趁检查的空隙走出大楼，和着微风走在阳光下的院子里，心情豁然明朗，老百姓们笑着称这里是天通苑的后花园。
