对于医药生产企业来说，两票制也让他们的选择权相应减小，这将增加制药企业的成本压力。对于辰星药业来说，他们原本与一家广东的医药公司关系不错，这家公司是辰星的产品代理，可以通过广东的公司将自己的药品卖到广西，但由于两票制的实行，他们必须直接和广西当地的医药公司进行联系，这对于像他们这样没有庞大销售队伍的中小药企来说，无疑是一种巨大的打击。
自主研发定生死
此外，国内药品制造企业研发投入少、创新能力弱的问题已成为困扰我国医药产业发展已久的难题，“这也许并不仅仅是企业研发资源匮乏的问题，而是连续十几年的国内形势造成的。”史立臣表示，国内的医药行业市场化以后，从1998年到2006年这段时间基本是不进行研发的，销售才是他们的业务重心，有销售就有利润。但随着竞争形势越来越严峻，企业开始考虑到研发，但这种研发仅仅是换剂型或是增减处方中药的成分数量，而审批不严格，换个包装就能把它批作新药。这造成了企业对真正意义上的研发不注重。“美国的一个新产品从研发到上市，可能要十几年，中国哪有那么长时间去搞这些事。研发是有风险的，投入未必会有一个好的结果。”
广州医药集团副总经理、总工程师刘菊妍表示，现在大多数药企的研发投入只占到销售额的1%~2%,为数不多的创新性企业如恒瑞医药(600276,股吧)、先声药业等能达到7%~8%,只有个别企业能达到10%。横向对比，跨国制药公司绝大多数研发投入比例为年销售收入的15%~20%。即便是同以仿制为主的印度制药公司,研发投入的比例也接近年销售收入的10%。
左利营认为，在中国的经济环境下，对医药企业来说，国家的扶持基本上是从资金方面进行的，但这根本解决不了实际问题。十二五规划的大背景下，国家明确表示要扶持大型企业，鼓励兼并与收购，对中小企业来说，挑战可能更为严峻。
“葵花药业、扬子江药业之前都是规模非常小的企业，但现在发展得却非常好，而像乌苏里江药业在90年代的销售额就能达到10多亿，彼时的葵花药业只有几千万，现在的乌苏里江几乎被人遗忘。”史立臣认为，中小企业内在的因素才是他们发展的动力，一个企业的管理能体现出他们的内涵，即使没有好产品，但是他们团队的内生能力很强，内部组织效率很高，能够迅速解决眼前问题。
面对国家政策的变化，史立臣认为中小型药企能做的可能只有三点。首先，在营销模式上有突破性的创新，因为药品的同质化生产还会持续一段时间；其次，内部管理能力需要提升；最后，将研发投入落到实处，而不仅是说说而已。
