基于公共卫生的考虑，而对婴儿实施包皮环切术值得商榷。比如在美国，一般民众会将婴儿割包皮视为常态性的医疗行为，但澳洲、加拿大、美国的医学团体并不建议常规性实施婴儿包皮手术。纵使包皮环切术所导致的并发症比率相当低，但少数手术失误、术后出血或术后感染可能引起的悲惨后果，却不可忽视。美国小儿科医学会建议应该对婴儿的父母说明包皮手术相关的好处与风险。倡导包皮环切术的一方主张这是一项公共卫生工程，能预防包皮感染，也可能有助于减缓爱滋病的散播；但生殖器健全运动等团体则认为这是侵犯人权的行为，甚至构成一种性侵害，因此主张不应鼓励，甚至应该禁止婴幼儿接受包皮环切术。
知情同意
包皮环切术对一个男童而言，其医疗效益饱受争议，往往非出于自愿，将来长大后若反悔也恐怕无法恢复原状。因此监护人是否有权为男童做出决定，以及这决定权如何界定，至今仍争议不止。
从人权角度来讲, 新生儿包皮环切术不尊重孩子的权利, 在孩子还没有自主决定意识的时候, 将父母亲的意识强加于孩子身上。父母亲通常会认为新生儿包皮环切术相对成年后手术痛苦较小, 但有研究表明包皮环切术所致的疼痛甚至会影响到孩子对免疫接种的反应。特别是对于那些没有手术指征的孩子,手术带来的疼痛及可能的并发症也许会带来严重的后果。总之, 新生儿是否该行包皮环切术不仅仅是个医学问题, 还涉及到文化、伦理、心理、宗教等多个方面。这也反映出, 医学认识的对象即人体、生命、健康、疾病等具有复杂性, 使许多问题一时还不能取得完整深刻的科学认识, 认识主体的局限性与认识客体的无限性矛盾决定了认识过程的反复循环性。关于新生儿包皮环切的争论仍在继续, 医生要不带偏见地把手术的利弊两方面因素都提供给新生儿父母, 让他们自己仔细权衡后再做决定。
有人认为幼年受到包皮环切术的记忆可能在心灵留下伤痕，因此主张应该等年龄够大、心智够成熟时，再让这位男性自己决定是否手术。
对情绪的影响
男性割包皮所受的情绪冲击比较少受到重视。几乎所有在婴儿期割过包皮的成年男子表述，其并不认为在未麻醉的情况下割包皮为残忍的行为，因为根本不可能会对手术有任何记忆。有关儿童人权的议题常受到忽视，就像包皮环切术可能使部分男性受到身心的伤害，却往往被忽略。
在美国，大部分的新生儿包皮环切术都没有用麻醉药。
合法性
主要的医学会均认为包茎环切术只要由法定监护人同意，并签署知情同意书，合法性就不成问题。
