早在2010年，药品认证管理中心的质量管理体系就已经基本建立并开始实施。2009年，国家局准备接受WHO的国家疫苗监管评估后，结合各类检查工作的实际情况，张爱萍主任就明确提出，药品认证管理中心要将包括药品GMP、药物GCP/GLP等全部药品检查工作内容纳入质量管理体系，并形成了《药品检查质量管理体系工作实施方案》。
2012年9月20日，根据国家食品药品监督管理局部署和要求，药品认证管理中心获得了药品认证检查工作符合ISO9000的证书。这标志着药品认证管理中心的质量管理体系已经建立并实施，药品检查认证工作符合国际质量管理的规范化标准。
药品检查质量管理体系试运行期间，注重对自身质量管理体系的不断完善，并在WHO专家Lahouari Belgharbi博士2011年的先后两次跟踪和访问过程中均受到好评。2011年初，组织6人参加了内审员培训并获得证书;并于2011年5月和7月，分别邀请WHO专家Rudolf Völler和Jacques Morenas进行质量管理体系的指导。在接受外部专家指导的过程中，药品认证管理中心还多次邀请省级药品检查机构同时参加，为省级药品检查机构质量管理体系的建立和实施提供帮助。
获得ISO9000认证证书并不是药品检查工作质量管理的目的，而是以此为契机，持续改进、不断发展，积极践行科学监管理念，进一步发挥药品检查工作服务药品监督管理工作大局的作用。同时，药品认证管理中心还将对省级药品检查机构的建立质量管理体系和能力建设进行指导，提升全国药品检查工作的水平。
