巨大的市场需求，使专门针对医药流通企业开发的软件产品如过江之鲫，一时鱼龙混杂，“千方百剂”、“协力商霸”、“黄药师”、“本草纲目”、“卫科”等等品牌数量不下百种。但在软件的选择上，大多数医药企业没有意识到，选软件不仅是选产品、比功能，用UC每月免费发短信新浪点点通天气一拍时尚广场开业大吉更重要的是“问出处”，选一个能够共同成长、提供长期服务支持的软件企业。
管理医药的软件与其它管理工具不同，它是一种对企业管理手段的改造，它需要随着企业的发展以及应用的拓展而不断升级。东莞一家药店2002年为通过GSP认证，选择了本地一家软件公司的产品。第二年，该药店又开展了连锁配送业务，系统需要升级，但原软件开发商实力有限，没有连锁配送的功能，无奈，他们又选择了另一家当地软件公司的软件来进行连锁配送的管理。结果，由于两个软件不兼容，数据不能共享，连一张关于公司总体数据的报表也不能自动生成，电脑管理与手工管理共存，信息化搞得不伦不类。这种对软件选择的短视其实是医药企业对信息化不了解造成的。当初上马管理软件时，他们也考虑过一家全国性的大品牌——“千方百剂”，只因价格高出一倍而放弃。如果当初选择“千方百剂”的话，单体医药、连锁管理将统一在一个系统之下，可以实现真正的信息化，提升企业管理能力，现在却煮成了一锅“夹生饭”。
问题并没有到此为止，因为企业还要继续发展。如果未来要把连锁店开得更远，开到外地甚至外省，现在两套系统并用的马车将更加力不从心。更高的要求需要软件开发商具备更强的实力，目前只有“千方百剂”拥有擅长于远程管理的B/S结构产品。2004年，这家企业在在花费了近十万元的软件投资后，不得不再次仔细考虑二十万元的“千方百剂”系统。管理信息化是一个过程，并不需要一蹴而就，但每一步却需要考虑到下一步。企业自身要成长，就必须找一家能够一同成长的软件合作伙伴，让管理与企业共同提升，而不象昆虫一样，长一层新皮，还必须蜕一层旧皮。一般软件都要自带所谓的数据恢复工具，但它只能恢复“正常情况下”出问题的数据，或是执行特殊的功能。要将真正丢失或破坏的数据恢复，非软件开发厂商不可，因为只有他们明了软件的数据结构。
目前的医药管理软件市场有上百个品牌，对于企业级产品来说，这么短时间内冒出这么大量的品牌是极不正常的，软件业内人士认为，现在的管理软件市场属于“不成熟的市场造就了不成熟的品牌”。正是因为GSP认证期限的要求，导致了短期内市场需求的膨胀，市场进入门槛很低，一大批软件企业蜂拥而上。这些企业往往在资金、开发等方面缺乏实力，以价格为主要竞争手段，利润低、产品单一，抗风险能力很弱，一旦市场有所变化，就会导致整体洗牌，被淘汰出局。就管理软件的特性来说，一旦软件开发商被淘汰出局，这款管理软件就无法再用了，不仅软件不能升级，关键在于把经营数据放在一个没有保证的系统中，万一出现问题，后果不堪设想。企业一旦上马管理软件，就如同骑上虎背，只能勇往直前，这时的软件开发商，不再是一个产品提供者，而是一个共同发展的合作伙伴。
所以，选软件，是选公司、选伙伴。指点软件市场门派今天的中国管理软件市场，被称为“三分天下”。以SAP、Oracle为代表的国际巨头，占据着行业、特大企业的市场，产品以ERP、CRM、HR等高级管理系统为主；以用友、金蝶为代表的国内高端软件品牌，占据着大企业、政府机关等市场，产品以ERP、财务管理为主；以任我行、速达为代表的中小企业软件品牌，占据着广泛的中小企业市场(所谓中小企业，是指企业内连网电脑台数在200台以下的企业)，其产品以进销存、财务管理为主。
软件产业是一个需要长期积累的产业，SAP、用友、任我行等著名软件品牌，都拥有超过十年的发展史和数十万的用户基础，产品经受了长期广泛的实际使用考验，他们构成了管理软件市场的第一类品牌。一类品牌企业实力强、抗风险能力强、服务支持有保证，但产品价格在各自市场空间内相对最高，其中任我行公司的“千方百剂”是唯一一款针对医药流通行业的一类品牌软件。二类品牌主要指一些相对较小的软件公司，他们或者在某个区域有较大的影响力，或者也涉足到多个行业，他们的产品价格相对较低。
选择二类品牌时，必须对其公司进行必要的考察，重点了解公司实力、抗风险能力及有无长远的发展战略。毕竟软件一旦上马，就要进行相关的人员配备和培训，管理细节也需要随之进行调整，大量基础数据需要录入系统，若事后更换软件，无异于伤筋动骨，必将进退两难。
